Собственно:
При установке на клиенте (Windows XP SP3) драйверов версии 1.0.0.0
Com порт мапируется на сервер терминалов (Windows Server 2008 R2) но при проверке через Putty отваливается после передачи 6-ти знаков ("Error reading from serial device"), после перезапуска Putty (не выходя из терминальной сессии) ситуация повторяется.
Если ставить более позднии версии драйвера 1.1.0.6 или 1.1.0.1 то Putty сразу ругается на Com порт ("Error reading from serial device").
Сканер настроен как Uni-Directional USB Serial Emulation Mode.
Каким образом можно настроить данную связку???

Все это делается что бы подключить сканер штрих-кодов MS5145

попробуй перевести сканер в режим эмуляции RS232.
http://www.scancode.ru/files/item/2/163/

это если не 64-х бит 2008
иначе = опа.

Сканер переведен в режим эмуляции:
Uni-Directional USB Serial Emulation Mode
Windows Server 2008 R2 ,только х64. Но это не имеет значения т.к. драйвера надо ставить на клиента (Win Xp x86) и они нормально устанавливаются, только в зависимости от версии com порт который мапится на сервак ведет себя по разному...

Сканер USB-в режиме эммуляции ком-порта очень плохо работает в терминале (так как там не очень "грамотно" учли скорости обмена через порт - в итоги или данные теряются или порт "отваливается").
А сканер прекрасно подключается как HID-устройство через эмуляцию клавиатуры.
P.S. и пробрасывать ничего не надо будет.

К сожалению метод эмуляции клавиатуры не подходит.

и на 64-битных системах драйвера от метролдоджика цвообще-то не работают. Не ты первый.