Есть правила обмена между двумя одинаковыми конфигурациями.
Переносятся некоторые документы.
С документом переносится номенклатура.
С номенклатурой должны переносятся ее единицы измерения.
Единицы, как подчиненный справочник переносятся (те, которые в документах учавствуют), но при этом в карточке номенклатуры "Единица хранения остатков" и "Единица отчетов" не проставляются.
В файле переноса, причем, поля единиц заполнены, но не загружаются.
Если сделать ПВД на номенклатуру и единицы - все встает красиво.
Решение: в ПКО документа, в табличной части номенклатура должна была стоять выше единиц. И все заработало как надо.