В базе ЗУП 3.1.12.113, документом Прием на работу сотруднику был назначен Районный коэффициент. Все работало корректно
Далее, документом Кадровый перевод сотруднику изменили условия труда (Районный коэффициент в этом новом документе так же указан)
С этого момента, документ Начисление зарплаты и взносов стал начислять Районный коэффициент дважды (причем, идентичную сумму)
Я бы проверил, как себя поведет конфигурация, если все документы по этому сотру - кадровые, двигающие плановые начисления - распровести и последовательно обратно провести.
Скорей всего, что-то не обновилось до конца, когда было обновление между релизами. Или протестите - что будет, если создан новый Прием на работу и после нового приема новый кадровый перевод.