|ИЗ
    |РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Остатки(&Дата2,"+ФильтрНом+ФильтрСклад+") КАК ТоварыОрганизацийОстатки
    |ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ
    |РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Обороты(&Дата1,&Дата2,Регистратор,"+ФильтрНом+ФильтрСклад+") КАК ТоварыОрганизацийОбороты
    |ПО
    |ТоварыОрганизацийОстатки.АналитикаУчетаНоменклатуры.МестоХранения = ТоварыОрганизацийОбороты.АналитикаУчетаНоменклатуры.МестоХранения
    |И ТоварыОрганизацийОстатки.АналитикаУчетаНоменклатуры.Номенклатура = ТоварыОрганизацийОбороты.АналитикаУчетаНоменклатуры.Номенклатура
    
    |ГДЕ"+
    ФильтрКон+"
    |(Регистратор Ссылка Документ.РеализацияТоваровУслуг ИЛИ Регистратор Ссылка Документ.ВозвратТоваровОтКлиента ИЛИ Регистратор ЕСТЬ NULL)


проблема данного условия, я не вижу записей где не было оборотов т.к. директива ГДЕ накладывает условие на весь запрос а мне нужно только на обороты

Левое соединение решило проблему