Если я делаю так:

отбор=новый структура;
отбор.Вставить("Номенклатура",нома);
отбор.Вставить("Склад",Склады);

РегистрыНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(ТекущаяДата(),отбор,"Номенклатура,Склад", "Количество");
,где Склады - это список значений, из справочникСсылка.Склад

как сделать правильно????

запрос

запросом.

правильно - не делать таких переменных "нома"
реально так кодишь? :)

"ВЫБРАТЬ
   ТоварыНаСкладах.СуммаОстаток КАК Количество
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(&ДатаСреза, Номенклатура = &Номенклатура И Склад В (&Склады)) КАК ТоварыНаСкладах

так и делал запрососм, показалось долго, подумал может методом Остатки быстрее будет

РегистрыНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(ТекущаяДата(),отбор,"Номенклатура,Склад", "Количество");

В результате так же сделает запрос

Внимание! на (4) ругается! пишет:
Ошибка при вызове метода контекста (Выполнить): {(2, 18)}: Поле не найдено "ТоварыНаСкладах.СуммаОстаток"

по сути нужно поставить "КоличествоОстаток", тогда прокатит!
но как бы сразу запросом получить сумму остатков по нужным складам

(9) обратиться к другому регистру

Явно (5) не стыкуется с (7) :)

В регистре то поди сумму то нет?

(7) логично, 4 написал из головы.