Захватываем хранилище и хотим полностью загрузить конфу из файла но менюшка не активная, не подскажите в чем дело?

Рекурсивно захватываешь?

(1) должна стать вообще активной?

(1) рекурсивно

какие выходы?

- Сравнить и объединить
- Пересоздать хранилище (раз уж полностью другая конфигурация)

даже не знаю... а отключится от хранилища, загрузить и создать по новой поможет?

(5) сравнить и объеденить нельзя, тогда весь смысл теряется
(6) а что если CDшник заменить, в смысле развернуть нов базу загрузить в нее и ее СДшник кинуть в хранилище, или так не получится?

(7) Теряется смысл чего?

На всякий, для читающих через строку. В (5) - не последовательность действий, а два варианта.

(8) надо чтобы один док из хранилища удалился и добавился новый (в УИДишниках заморочка)

как сохранить историю при всех этих делах?

Не знаю. По идее новая конфа-новая история. Но у тебя получается, не новая.
По факту получается что тебе надо не конфигурацию загрузить, а как-то хитровывернуто заменить документ. Тут я не рискну советовать)

(10) создай новый и удали старый, в чем проблема?