Имеется запрос:
ВЫБРАТЬ
   ВТ.Контрагент,
   ВТ.Договор,
   ВТ.льгота_м2 КАК Льгота,
   ВТ.СуммаКомпенсации
ПОМЕСТИТЬ ТЗ1
ИЗ
   &ВТ КАК ВТ
ГДЕ
   ВТ.СуммаКомпенсации <> "0"
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 КАК Субконто1,
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 КАК Субконто2,
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто3 КАК Субконто3,
   ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстаток КАК СуммаОстаток,
   ТЗ1.СуммаКомпенсации
ИЗ
   ТЗ1 КАК ТЗ1
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&Дата, Счет.Код = "62.01", , ) КАК ХозрасчетныйОстатки
       ПО ТЗ1.Контрагент = ХозрасчетныйОстатки.Субконто1
           И ТЗ1.Договор = ХозрасчетныйОстатки.Субконто2
ИТОГИ
   СУММА(СуммаОстаток)
ПО
   ОБЩИЕ,
   Субконто1,
   Субконто2,
   Субконто3

В отладчике посмотрел во временной таблице ТЗ1 имеется 12 строк, однако результате работы запроса получается только 9 строк из-за чего такое?

ГДЕ
   ВТ.СуммаКомпенсации <> "0"

Остаков нет. :-)

похоже:
ГДЕ
   ВТ.СуммаКомпенсации <> "0"

Там действительно текстовое поле, и при просмотре в отладчике во временной таблице 12 записей

Странно что во 2-й таблице меньше, у тебя 4 поля итогов только

Если остатrов нет, то получится NULL

в консоли запросов выполняешь?

(7) в отладчике делаю точку останова

загони в консоль, посмотри, какой будет результат

запости сюда 12 строк из отладчика

(8) наверно, в 3-х строчках СуммаКомпенсации = "0"

(11) если учесть строки итогов, вообще не понятно, что у него там остаётся.

(0)
попробуй так:

РезЗапр=Запрос.Выполнить();
Выборка=РезЗапр.Выбрать();
ТабРез=РезЗапр.Выгрузить();
ТабРез.ВыбратьСтроку("Выбор строки");

и изучай