Подскажите есть ли такой внешний отчет, чтоб можно было перенести данные из одного справочника в другой

отчета точно нет

(0) В пределах одной конфигурации? Или в разных конфигурациях? Или ещё как?
Универсальное решение - КД.

а можно это как нибудь сделать, просто когда при переносе всех справочников, один забросили не туда куда надо

конфа комплексная

(3)Можно. Поправить перенос одного справочника и повторить процедуру.

переименуй метаданные, чтобы другой справочник обзывался как нужно, тогда и переносить ничего не придется.
profit!

В каких именно метаданных. У меня в справочник "Контрагенты" залезли "сотрудники", вот как их именно оттуда вытащить только их

(7) И на них есть ссылки в документах?

какие ссылки? что то не совсем понял

(9) "Левые" элементы справочника "Контрагенты" задействованы уже в документах, движениях? Или просто загружены и все?

нет база чистая только справочники заполнены кроме сотрудников, они в контрагентах оказались

(11) Ну тогда - удавить эти записи в справочнике и перегрузить справочник сотрудников по новой, да и все дела. Данные каким образом переносятся? Из какой конфы в какую?