Абстрактная задача: слить 2 базы УПП в одну. Допустим, что ведутся разные организации и документы по ним не пересекаются.

Какие сходу видятся подводные камни (в чем могут быть возможные сложности) ?

Я вижу сходу: справочники и записи некоторых регистров сведений по факту задублируются, если в обеих базах означают одно и то же; так же вопрос с сданной регл. отчетностью, хранящейся в базе,- по этому вопросу сильно не думал :)

Что еще, навскидку ?

Перенос планируется- по большей частью ЗагрузкойВыгрузкойХМЛ, с движениями, без перепроведения

константы?

контрагенты, номенклатура

(2) + О, точно, надо будет отследить

(3)+ счета контрагентов, договоры, банки,- и другие справочники

префиксы уже стоят?

(6) во, система префиксов, точно ! Надо ее проверить.

(7) уже поздно. =)

(5) счета контрагентов тебе что не нравятся? не важно какая организация у контрагента всё равно один и тот же  р/с. Если речь про счета покупактелю, то в УПП все документы, регистры в разрезе организаций.
Договоры в УПП в разрезе организаций
справочник банков - это классификатор банков.

виды начислений теоретически могу быть настроены по разному... параметры настройки программы - отвечающие например за доп. разрезы (склады) на счетах БУ

(10) виды расчетов, настройка предопределенный видов расчетов, настройки по блокам БП +100500

"Анализ связей объектов метаданных в выгрузке" скачайте с инфостарта, пригодится.

в упп стопицот документов и регистров без привязки к организации

(12) Ух ты, весчь. Если не затруднит- зашлите, пожалуйста, на почту.

сам я пока недостаточно прокачал своего героя на инфостарте, там качают сейчас 1сники 80 уровня или эльфы за деньги

(15) у бедного андрюшки нет денег оформить подписку и он попрошайничает?

(16) Василий, я тебя вычислил :) Васенька, ты знаешь все мои координаты, обратись ко мне напрямую, если тебе нужно это . Хорош претворяться чайником на мисте :) В контактике, Васенька, прикольную аватарку поставил, с сайта Увеземвлес.Рф, молодец.