Вот запрос:

ВЫБРАТЬ
   ХозрасчетныйОстатки.Счет КАК Счет,
   СУММА(ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокДт) КАК СуммаОстатокДт,
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 КАК Субконто,
   ЗначенияСвойствОбъектов.Значение
ИЗ
   РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&КонДата, Счет.Ссылка В (&СписокСчетов), , ) КАК ХозрасчетныйОстатки
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ЗначенияСвойствОбъектов КАК ЗначенияСвойствОбъектов
       ПО ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 = ЗначенияСвойствОбъектов.Объект
ГДЕ
   ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство = &Свойство

СГРУППИРОВАТЬ ПО
   ХозрасчетныйОстатки.Счет,
   ХозрасчетныйОстатки.Субконто1,
   ЗначенияСвойствОбъектов.Значение

У субконто ОДНОГО счета есть доп.свойство заданного вида,а у субконто ДРУГОГО счета нет доп.свойства.При выполнении запроса остатки по ДРУГОМУ счету не попадают в результат.Если убрать из запроса условие
  ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство = &Свойство
то остатки появляются.
ЧЯНД?

замени условие на выбор

(0) ЧЯНД
ГДЕ стоит не по месту

+1 и условие из где перенеси в соединение

Счет.Ссылка В (&СписокСчетов)...
просто Счет

(4)Нет
(2,3)Таблица ЗначенияСвойствОбъектов не позволяет задавать параметры

(5) что мешает использовать объединить все для двух разных счетов ?

(5) что нет? нахрена ещё через точку Ссылка? просто Счет В (&СписокСчетов)

ГДЕ
   Выбор Когда Счет = &СчетСДопСвойством Тогда ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство = &Свойство
Иначе Истина Конец

(5) почему не позволяет?
про выбор и где: ПО выбор когда счет = некий счет тогда ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 = ЗначенияСвойствОбъектов.Объект
И ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство = &Свойство
иначе ложь конец
типа так

(0) Просто добавь условие  ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство = &Свойство в соединение

Спасибо.Условие в соединении прокатило
(9)А параметры можно задавать только для виртуальных таблиц

(11) однобоко - все условия для отбора