Хочу удалить iis на сервере windows server 2003.Повлияет ли  на это
на что нибудь,на пример на 1с.

Зачем?

citrix установить надо рекомендуют удалить или отключить

Если 1с на нём не опубликована как веб, то не повлияет

нет ,если нет web

И если сервер ни для чего, кроме 1С, не используется ))

на сервере установлена 1с 8.2  с sql serverом 2005,web не используется

удаляй, разрешаю. )

и прощай централизованное обновление...
Проверь на всякий случай, может WSUS установлен...

IP какой ?

(8) главное = чтобы это не DC был :)