подскажите в каком из событий мне можно подменить организацию...

в приемнике есть организация А и Б, в источнике только А

надо выгружать документ из источника и если организация = А то в приемнике должна установится организация Б.

ПКО поменять надо

так нету же в приемнике Б

в источнике нету Б, а в приемнике есть.

обмен типовой?

в типовых есть РС СоответствиеОбъектовДляОбмена как раз для таких случаев

после загруки объекта взял и поменял.

В ПКС Перед выгрузкой...
ИмяПКО - имя правила конвертации, по которому производится преобразование значения свойства. Может быть выбрано в зависимости от каких-либо условий
(создай 2 ПКО для А и Б, в поля поиска пропиши нужные значения)

после загрузки норм получилось... странно что при загрузке не получалось...

похоже мне всех объектах надо подмену организации подмутить

Спр организации.
Ставишь поиск по коду и группе.
В ПКС Кода пишешь
Если Код=Б Тогда
Код=А
КонецЕсли;

И все.

(10) не проще сразу значение писать?

Через параметры. Перед загрузкой ищешь нужную организацию и прописываешь в параметр. А уже при загрузке юзаешь параметр для заполнения

(12) не) при выгрузке в ПКО пишешь Значение = Параметры.Организация.Код