В РегистрНакопления.уатВыработкаПоСтоимости есть поле "Регистратор".
В РегистрыСведений.ВКакомСчетеТТД есть поле "ТТД".
уатВыработкаПоСтоимостиОбороты.Регистратор это поле ВКакомСчетеТТД.ТТД

В запросе надо оставить только те строки
|ИЗ
|   РегистрНакопления.уатВыработкаПоСтоимости ... КАК уатВыработкаПоСтоимостиОбороты
Регистратора которых нет в поле "ТТД" РегистрыСведений.ВКакомСчетеТТД

"не знаю как сформулировать" - надо себя заставлять...

Во-первых, по традиции, где симпатичное (эротическое, но оставляющее место воображению) фото? По давней мистовской традиции, девушкам без фото в профиле, помогают неохотно.
А, во-вторых, посмотри, что такое временные таблицы. Поясняю - берешь запросом из РегистрыСведений.ВКакомСчетеТТД регистраторы, суешь их во временную таблицу ВТ, и выбираешь из РегистрНакопления.уатВыработкаПоСтоимости нужные данные с условием, что регистратор не в ВТ.
P.S. Но фото все равно давай ;)

имхо так примерно, запрос по первому регистру - помещаеи в ВТ, скрамливаем запросу по второму, где условие полеРезультата из превого естьНуль  
зы: не проверял :)

(2) :)

(3) Одним запросом коллега, зачем память транжирить?! Рарусовцы и без нас с этим отлично справляются :)

Хм, а ТС то похоже, того... Сбежала.
И перед кем мы тут распинаемся?

не сбежала, в верхней строке видно же - пытаюсь что-то предпринять по поводу ВТ

Выбрать *
ИЗ(
 Выбрать
 РН.Регистратор,
 ЕстьNULL(РС.ТТД,"Это надо") КАК Нужное
 ....//чегото еще
Из РН
Левое Соединеие  РС
По РН.Регистратор=РС.ТТД) КАК ВнутрЗапрос
ГДЕ ВнутрЗапрос.Нужное= "Это надо"

Схематично конечно:-)

тоже схематично, остатки номенклатуры, которые не продавались вообще
ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
   РеализацияТоваровУслугТовары.Номенклатура
ПОМЕСТИТЬ СписокТоваров
ИЗ
   Документ.РеализацияТоваровУслуг.Товары КАК РеализацияТоваровУслугТовары
;
ВЫБРАТЬ
   ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура,
   ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(,    НЕ Номенклатура В
               (ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
                   СписокТоваров.Номенклатура
               ИЗ
                   СписокТоваров КАК СписокТоваров)) КАК ТоварыНаСкладахОстатки

|ИЗ
           |    РегистрНакопления.уатВыработкаПоСтоимости.Обороты(
           |        &ДатаНач,
           |        &ДатаКон,
           |        Регистратор,
           |        Организация = &Организация
           //|            И Контрагент = &Контрагент";
           //|            И Контрагент = &Контрагент)
           |            И Контрагент = &Контрагент
           |            И НЕ Регистратор В
           |            (ВЫБРАТЬ ВКакомСчетеТТД.ТТД ИЗ РегистрыСведений.ВКакомСчетеТТД КАК ВКакомСчетеТТД)
           |";
           //|            И (Счет = &СчетПустаяССылка Или Счет = &ТекСчет)";  //катя  или Счет = ТекСчет
           
           Если Не уатОбщегоНазначения.уатЗначениеНеЗаполнено(ОбъектСтроительства) Тогда
               Запрос.Текст = Запрос.Текст+"
               |            И ОбъектСтроительства = &ОбъектСтроительства";
           КонецЕсли;
           
           Запрос.Текст = Запрос.Текст+"
           |) КАК уатВыработкаПоСтоимостиОбороты

Ошибка: http://s59.radikal.ru/i163/1208/6e/475c77cc3b60.jpg

http://s59.radikal.ru/i163/1208/6e/475c77cc3b60.jpg

наверное Регистратор не в том месте

не наверное а так и есть

Эх, фотки так и нет :(
Но я подвыпывши и добры! Поэтому в надежде на лучшее (я фото имею в виду)...
Под рукой как на зло рарусофских конфигураций то же нет. Поэтому примерно:

ВЫБРАТЬ
   ВКакомСчетеТТДСрезПоследних.Регистратор
ПОМЕСТИТЬ ЗапрещенныеРегистраторы
ИЗ
   РегистрСведений.ВКакомСчетеТТД.СрезПоследних(&Дата, &Условие) КАК ВКакомСчетеТТДСрезПоследних
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
   уатВыработкаПоСтоимости.*
ИЗ
   РегистрНакопления.уатВыработкаПоСтоимости КАК уатВыработкаПоСтоимости
ГДЕ
   (НЕ уатВыработкаПоСтоимости.Регистратор В
               (ВЫБРАТЬ
                   ЗапрещенныеРегистраторы.Регистратор
               ИЗ
                   ЗапрещенныеРегистраторы КАК ЗапрещенныеРегистраторы))
   
условия и дату добавить по вкусу. Фото можно в личку :D