Есть непроведённый заказ покупателя (ему уже месяца два).
Там есть товар. Товар находится в статусе: "Забронирован". По ссылке на бронирующий документ выдает как раз тот заказ.
Разве непроведённый документ как-то на состояния регистров влияет?

да

бывает..

(0) И такое возможно.
Провести и отменить проведение. Потом еще раз глянуть.

На состояние регистров влияет .... состояние регистров.
Записи в регистре должны ссылаться на документ. Неважно - проведенный или не проведенный

(0) отчет построй с группировкой по регистратору

есть обработка, которая все эти косяки отображает в виде отчета.

Штатная? Или кто ваял сам?

И что будет, если этот документ попробовать удалить.

(8) если удалишь из базы, то и движения удалятся
почисти движения, исправь обработку распроведения в конфигураторе
(7) ваять - 30 строк кода гдето

(8) Через пометку на удаление -  не удалится.
Непосредственно - в регистре появится запись с "висящей" ссылкой.

Вот, оказывается, чему учит сертифицированный курс "Решение оперативных задач".

скорее всего был заказ поставщику на основании заказа покупателя или резервирование

Было, скорее всего так.
Покупателю был создан заказ. На основании этого заказа был создан документ реализация товаров и услуг. Покупатель оплатил, забрал и стал счастлив.
Но кто-то потом снял метку проведения с заказа. Итого, висит бронь((

(13) в реализации ссылку убери

+ ну и удаляй потом