На сервере терминалов, сами по себе добавляются базы, удалял все базы у всех пользователей, но они по какой то причине опять добаляются, даже те которых уже года 3 нету...

у одмина удали

Удалял у всех... из реестра...

В интернетах натыкался на пост, что типа они в какой то ветке install находятся и от туда добавляются, но так и не нашел от куда...

Незачем было Сетапом устанавливать БД :)
Ты хорошо поищи, к примеру простым поиском текста в файлах.
Ищи во всех...

Искать по названию базы, и по ключам? известных веток с этой лажей нету?

(5) По названию. ХЗ, я не заморачивался.
Попросту деинсталял и все. Ты попробуй разобрать файл установки, что куда он прописал.

Ну ок :( любой установщик пойдет? просто я сам не обновлял установщиком, до меня это было, я знаю что борода с ним такая )

В терминале достаточно прописать в 1 ветку реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Terminal Server\Install\Software\1C\1Cv7\7.7\Titles (По совету Ёпрст3 из Список баз в 1С 7.7 и терминальный сервер

Как прописать новую базу всем пользователям сразу? (сообщение 14)
Логон скрипт подключения баз 1С при входе на терминальный сервер
не сохраняется список баз W2k3 server+terminal

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Terminal Server\Install\Software\1C
вот нашел вроде... :)

(9) x64

(9) Или очищай периодически эту ветку или запрети юзерам её читать.

Спасибо за помощь в нахождении нужной ветки :)