В документе РТиУ меняю программно значения субконто счетов. Задействован РАУЗ,отыскал в общем модуле, где формируется и заполняется таблица данных, по которой потом заполняются регистры. Заполняю два субконто, делаю это идентичным образом:
ТекущаяСтрокаОприходования.Субконто1 = Справочники.СтатьиЗатрат.НайтиПоКоду("РП0000609");
                                       ТекущаяСтрокаОприходования.Субконто2 = Справочники.ПодразделенияОрганизаций.НайтиПоКоду("00014");

При этом в РН Учет затрат все пишется верно - оба субконто определяются и записываются, а вот в регистр бухгалтерии попадает только первое субконто, второе - пусто. Тип субконто в плане счетов совпадает с тем, что я передаю - ПодразделениеОрганизации.
Есть идеи?

[При этом в РН Учет затрат все пишется верно - оба субконто определяются и записываются] не верю! скрины в студию

А как скрины выкладывать?

Обычно используют РС для счетов номенклатуры или документ по настройке счетов.

(3) со счетами проблем нет, мне надо поменять значения субконт у одного счета. При этом первое субконто у меня попадает в проводки,а второе так и остается пустым. Так как всетаки скрины выкладывать?)

через любой хостинг картинок

http://hostingkartinok.com/show-image.php?id=43ef207c120400c9cf23941ac3540fac

(5) и получается что по учету затрат для 44 счета обе аналитики есть, а в проводки попадает только одна.

а третье субконто на 44 тебя не смущает?

(8) РАУЗ включен для управленческого учета. А почему должно смущать?

да и не расход тебе нужно по Учету затрат для данной проводки, а приход

(10) вид движения я поменяю, но это не решит проблемы с субконто

не нужно его менять
у тебя как я понимаю ТН, так вот она делает два движения:
1. расход по МПЗ
2. приход по затратам

(12) ну а с субконто то как быть?

а я хз, что у тебя там по приходу затрат в УчетеЗатрат

(14) у меня там всего одна проводка, которая в скрине есть, прихода никакого нет, только расход.