Собственно вопрос, можно ли получить верхнего родителя элемента справочника в запросе?

В иерархии, но без родителя.

смотря для чего

в отчет нужно выводить самого верхнего родителя и непосредственно того, где находится эта позиция справоника

Можно, если количество уровней иерархии известно заранее))

(4) не известно, + оно еще и разное)))

(4) это же почти фантастика

(5) максимальное, если есть. этого хватит

(5) тогда в поиск - мильон раз обсуждалось

ВЫБРАТЬ
   Номенклатура.Ссылка,
   ВЫБОР
       КОГДА Номенклатура.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель
       КОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)
           ТОГДА Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель.Родитель
   КОНЕЦ КАК РодительВерхнегоУровня
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура

(9) все понял), лучше рекурсию)

Не делал, но можно сделать рекурсией свою тз с колонками "номенклатура" "верхнийродитель" запихать её во временные таблицы и запросом уже соединять.
Хотя как быстрее сделать ХЗ

(10)
вот это по-мужски.
циклы только для теток.

(0)

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
   Контрагенты.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
   Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
ГДЕ
   Контрагенты.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ
   И Контрагенты.Ссылка = &Ссылка
ИТОГИ ПО
Ссылка ТОЛЬКО ИЕРАРХИЯ

запрос.выполнить().выгрузить()[0]