При проведении документа в регистр пишется одна запись. если смотреть через кнопку "Перейти"-->"Движения документов по регистрам".
Но, если смотреть запросом почему-то создается 2 записи, одна из не пишет документ движения регистратор.
В конфигураторе изменений и доработок не было. т.е. обработку проведения документов никто не трогал, и еще это происходит ни с одним видом документов.
С чем это может быть связано?

Запрос покажи

с использованием виртуальной таблицы или с происками марсиан

мож там  одинаковая номенклатура  и ее группирует в запросе или сворачивает в ТЗ ?   чудес не бывает.

Да дело даже не в запросе, очтеты тоже также показывают
ВЫБРАТЬ
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Период КАК Период,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Регистратор,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Регистратор.Организация,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Номенклатура,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.СерияНоменклатуры,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.ХарактеристикаНоменклатуры,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Размер,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.Склад,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.КоличествоПриход,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.КоличествоРасход,
   ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочках.ОстаткиИОбороты(
           &НачДата,
           &КонДата,
           Регистратор,
           ,
           Номенклатура = &Номенклатура
               И Склад.Подразделение = &Подразделение) КАК ТоварыВНеавтоматизированныхТорговыхТочкахОстаткиИОбороты

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
   Период

(4) дело не в запросе, а в восприятии его результата. ну или в пятнах на солнце

Ну если отчет по остаткам стандартный также показывает, а еще ведомость движения номенклатуры тоже показывает также

Отдыхать нужно

ну а если по существу никаких предположений нет

Ну так, на начало и на конец.

не надо остатки по позиции регистратора пытаться получать.

Если ты хочешь получить записи, то получай записи, а не обороты с дополнением по позиции регистратора

(11) мне не только остатки нужны. мне все надо посмотреть и понять то ли пользователь накосячил, то ли программа так делает

(12) Косяк твоего восприятия запрошенной информации.

(11) Попробовал в реальном регистре посмотреть-запись одна формируется с документом движения, а вот в виртуальной таблице почему не так, ведь отчеты по движению номенклатуры строятся именно на виртуальной таблице и показывают неправильно....

Отчет "Ведомость по движению номенклатуры на складах" по какой таблице строится? (13)

(14) Почитай про физические и виртуальные таблицы, и подумай (просле прочтения) про смысл существования вторых

(15) по-моему было это на виртуальной таблице, образованной из регистра "ОстаткиТоваров"(ОстаткиИОбороты)

В запросах, насколько мне известно, всегда брались виртуальные таблицы. а не реальные регистры