Какой программой лучше всего учитывать работу на вахте? Стандартный ЗУП? Или есть отраслевые решения?

А что тут "отраслевого" то?

ЗУПа за глаза.

А как оптимально сделать график месяц через месяц? Если месяц идет календарный?

Ну главное чтобы норма была соответствующая. А реальное положение дел отражать табелем.

(4) С нормами то как раз всегда гемморой дикий у вахтовиков.

(5) Гемор не гемор, но надо для нормального расчета отнормировать и отразить в программе.

Так как? Или проще календарь вручную заполнить?

Внешняя обработка заполнения табличной части документа ввод индивидуальных графиков. Возможно...

(7) Норма поддается прогнозированию? Если да, ставим норму и в графике "суммированный учет", если нет то ээээээ ввод индивидуальных графиков ежемесячно

(9) Можно на год сразу