ВЫБРАТЬ
   МойДокумент.Ссылка
ИЗ
   Документ.МойДокумент КАК МойДокумент
ГДЕ
   МойДокумент.Ссылка = &Ссылка

Неоднозначное поле МойДокумент.Ссылка <<?>> МойДокумент.Ссылка = &Ссылка

продолжайте наблюдения

из-за чего это может быть?

(0) Да

(2) Это весь запрос?

(2) Из-за того, что нехрен в документ "МойДокумент" пихать реквизит/табличную часть "МойДокумент".

(5) там нет одноименных реквизитов...

Значит ты где-то нам врешь :))

где-то у тебя похожие поля.
Попробуй переименовать КАК МойДокумент в КАК МойДокумент1

(8) Блин, Марина, всю ветку на корню зарубила :))

(9) :) ну, извини))

кстати, начиная с 17 релиза платформы, такой запрос вполне прокатит.