В 330 релизе добавили возможность в профессии указать "вредность". Но что делать, если это морская должность. И вредные условия наступают только когда человек выходит в море, а на простое хоть и начисляется зарплата, но по вредным условиям не проходит?

Две профы, например "моряк в море" и "моряк на суше", и перемещать между ними. Кстати 336 релиз уж на дворе, если что.

в ЗиК еще есть константа ИспользуетсяТрудЧленовЭкипажейМорскихСудов

А чем он у вас в простое – суммируемые дни, за свой счет или 2/3 оклада?

(1) В программе только помесячно учитывается условия труда должности. А надо чтобы по дням.

(2) Вот надо почитать про неё.

(3) Все сидят на окладе. Ходят они в море или нет - оклад одинаковый. А вот условия труда считаются по-разному.

сделай чтот типо календаря выхода в моря и подставь в формулу!

У ПФ могут быть свои мысли по поводу за весь месяц нужно платить взносы или нет. Как пример: инвалиды.

(4) больше скажу, смотрится начало и конец месяца, и если в один из этих дней была льготная профессия то весь месяц считается льготным. Если же только со 2 по 29 была льготная, то весь месяц считается нельготным.

(9) Ну это я уже увидел, и это не радует. Тогда пока ждать что ли, этот квартал вручную пусть считают. Не хочется изобретать то, что появится в типовой через Н-ое время. Хотя бы к следующей квартальной отчётности бы было.

Ну если не волнует, что страховые взносы неправильно считаются  то да, ждать еще 2,5 месяца.

(8) ПФР уже высказал мысли:
Письмо ПФР № ЛЧ-30-12/3390 от 05.03.2013
а также:
письмо МинТруда от 23 апреля 2013 года № 17-3/10/2-2309
письмо МинТруда от 29 апреля 2013 года № 17-3/10/2-2415
письмо МинТруда от 30 апреля 2013 года № 17-4/727

Хорошие ссылки на письма. Первое я правда видел, это письмо из ПФР в минтруда, к нам особо отношения не имеет. А вот остальные проморгал.
Один вопрос остался неясен:
"...пропорционально количеству фактически отработанных дней на соответствующих видах работ..."
дней рабочих или календарных?

(13) написано же - фактически отработанных.
При чем тут "календарных", выходных, праздничных и т.д. и т.п.?
Отработал 22 дня (176 часов), из них 10 дней (80) часов во вредных условиях - пропорция 10 к 22.

у тебя в квиточке фактически отработанное время в каких днях (часах) измеряется? имхо, не в рабочих и не в календарных.
А просто в днях/часах. Это просто абсолютная величина.

(14) а в отчете ПФР у тебя льготный стаж прерывается на выходные и праздничные? Вполне могли они иметь в виду отношение периодов стажа льготный/всего за месяц, к которому идет отсылка в третьем письме. Так что не все столь очевидно, по крайней мере для меня. В квиточке кстати в рабочих днях по графику работы сотрудника.