Поступает материал через "Поступление товаров услуг".
Потом мы его расходуем через "Требование-накладная".
При этом возникают ошибки типа "Для номенклатуры .. .движения сформировались без суммовой оценки по регламентированному учету".

Смотрю отчёт "Ведомость по учёту МПЗ" - разная "Аналитика вида учёта" у поступления и расхода:
МПЗ; ООО Снежинский ЗСЭМ "КРАНРОС"; 10.08 - у поступления
МПЗ; ООО "Снежинский ЗСЭМ"; 10.08; 10.08 - у расхода.

Что это значит и как это забороть?

Ну и расчёт себестоимости, конечно, даёт:
Обнаружены отрицательные остатки по регистрам учета затрат!
Расчет себестоимости может быть выполнен некорректно и может выполняться длительное время.
Раздел учета: МПЗ
Расчет себестоимости завершен.

это брат у тебя счет налогового учета в поступлении и ТН разный

Действительно, был разный.
Исправил. Теперь везде 10.08.
Но ситуация осталась на том же месте.

ООО Снежинский ЗСЭМ "КРАНРОС" - это организация или склад? а то они тоже разные ООО "Снежинский ЗСЭМ". :)

я обычно в отчете делаю группировку по Аналитика вида учета/Аналитика распределения затрат/Аналитика учета затрат/Аналитика учета партий.

Есть подозрение, что ООО Снежинский ЗСЭМ "КРАНРОС" раньше называлась наша организация. Поступление от 2011 года.

логично, согласен, наименование в этом случае не изменится. Тогда рой в отчете РАУЗ Ведомость по учету МПЗ с группировками (5).

(6) при чем тут подозрения? посмотри

(8) Да, посмотрел в учебнике истории. Подтвердилось.

(7) Да, в отчёте видно, что расползается по "Аналитика вида учёта":
МПЗ; ООО Снежинский ЗСЭМ "КРАНРОС"; 10.08 - у поступления
МПЗ; ООО "Снежинский ЗСЭМ"; 10.08; 10.08 - у расхода.

Вот всё на одной картинке:
https://docs.google.com/file/d/0B47skjZssBxYaVZWbnBVR2k5R1E/edit?usp=sharing

если хочешь забороть не разбираясь - просто замени один из ключей обработкой. например обработкой ПоискИЗаменаДублирующихсяЭлементов