Введен документ Невыходы(Отпуск за свой счет) с 06.09.2012 по 05.09.2012
при начислении заработной платы за месяц в котором длиться этот отпуск,
сотрудник при заполнении не попадает в документ Начисление заработной платы.
В табеле проставляется ОЗ. Все правильно.
Теперь скажем в каком-то месяце я ввиду Начисление по больничному листу
И теперь начислю заработную плату в этом месяце. Программа забывает о
существовании докумета Невыходы и за дни которые приходились бы на
отпуск без содержания начисляет заработную плату. А в табеле проставляються
Я/ОЗ, ОЗ/, Б/О
Что это такое не понятно?
Зарплата и кадры бюджетного учреждения, редакция 1.0 (1.0.62.1)

И правильно, т.к. "Б/л" является вытеснением для "неявки".

"это"  называется - вытесняющие виды расчета. :)

период какойто странный

Больничный вытеснил свои дни в месяце, все правильно я не спорю. А остальные дни в месяце, на которые не пришелся больничный, почему они стали Я/ОЗ и за них начислилась зп?

(3) ну ошибся автор, все равно база не даст такой документ ввести. Наверно там по 15.09, но это не суть. Всегда (при нормальной постановке учета), человек заболел - ему поставили "невыход", принес б/л, ввели, невыходы вытесняются днями болезни.

с 06.09.2012 по 05.09.2013 Пардон!

(6) а документ Невыходы по болезни точно у вас есть?

Т.е. период "неявки" с 06.09.2012 по 05.09.2013
Вот ввел больничный с 04.03.2013 по 13.03.2013 и теперь
рабочие дни которые в апреле, но не из периода (с 04.03.2013 по 13.03.2013) стали Я/ОЗ и за них начислилась зп почему-то?

(7) Точно!

я эту конфигурацию не знаю, но попробуйте найти регистр состояния сотрудников, там по нему возврат не появился на работу?

(10) Да нет, ничего такого не наблюдается

И в табеле отображает Я/ОЗ соответственно 8/8

Регистр "Рабочее время сотрудников организации" можно посмотреть. Также Состояние Сотрудников Организации, Плановые начисления (мало вероятно, но всякое бывает), графики работы. Обратить внимание, если были кадровые перемещения. а дальше базу надо видеть. ЗУП, а тем более ЗБУ телепатические свойства программистов просто игнорирует.