Если я добавлю Бухгалтерию в справочник номенклатура новый реквизит, он будет затираться при типовом обновлении?

Нет.

(1) То есть нет - при условии, если он по имени не совпадет с новым обновлением?

Смотря как ты будешь обновлять

(2) Да.

допустим я в номенклатуру добавил реквизит "СинхронизацияТ",
и если накатываю обновление в котором в Номенклатуру добавили реквизит "Синхронизация", то в итоге у меня будет 2 реквизита после обновления "Синхронизация" и "СинхронизацияТ"? Так?

(0)Так а ты реквизиты, общие модули, документы и тд со своим префиксом делай. И тому кто после тебя придет легче будет и тебе.

(6) Да.

(7) +1 Типовую не трогаю.
Обхожусь без добавления/изменения реквизитов в объектах типовой конфы.
Кроме некоторых, например справочник "ХранилищеДополнительнойИнформации", пришлось таки добавить в реквизит "Объект" ссылку на свой документ, тут никуда не денешься.

Для своих объектов делаю префиксы _

Вам помогут:
1) Префиксы
2) Комментарии к измененным реквизитам, формам.

(10) +1 только хотел сказать это, опередил