При расчете себестоимости на 21 счете остаются суммы без количества. В регистре Партии товаров на складах (бух) это выглядит так:
30.01.2013 Перемещение товаров 00000000117 от 30.01.2013  2,000    773,80
31.01.2013 Расчет себестоимости 00000000001 от 31.01.2013       -553,80
31.01.2013 Расчет себестоимости 00000000001 от 31.01.2013       -553,80
31.01.2013 Расчет себестоимости 00000000001 от 31.01.2013       268,21        
31.01.2013 Требование-накладная 00000000239 от 31.01.2013 2,000    773,80    
Как избавиться от этих сумм (в данном случае 268,21) и почему они появляются?

0.01 шт. поставь в количестве

вообще восстанови последовательность, потом Расч. себестоимости перепроведи на 31.01.2013 23:59:59
если останутся посмотри ведомость по партиям товаров на складах, если остаётся партия с зависающей суммой этой, повесь на партию количество чтобы ушло

Перепроводила все документы за январь, потом Корректировку стоимости списания товаров, затем Расчет себестоимости - сумма остаётся

У Требование-накладная 00000000239 время поставь 23-00

Никогда! Слышите - НИКОГДА не ставьте никакой документ по времени после РСВ!

(5)  + 100!

(5) :)

+ неужели ничего не написал для проверки? :)

(8) почему? Там обработка за 2 минуты пишется...

У Требование-накладная 00000000239 время 23:00:06

Для расчета с/с пофигу на дату документа РСВ, алгоритмы используют реквизит ПериодРегистрации, который равен 1 числу расчитываемого месяца.