Есть начисления физ лицам в "не денежной форме". по ведомости получается начислено 100 ндфл 13 конечное сальдо -13.
Как внести от сотрудников ндфл кроме приходного ордера

так чтоб заполнить по всем "Возврат НДФЛ" не видит этих сумм

По сути они деньги в руки не получают с них сичтается НДФЛ. Но формально они должны их внести в кассу в бух сводно все сойдется а вот в ЗУП как это отразить?

"Как внести от сотрудников ндфл кроме приходного ордера"

да никак, ндфл обязан агент удерживать. если удержать не может то подаются сведения в налоговую на взыскание.

Организация сама платит фактически

Может какая корректировка получится?

ндфл с минусом идет в этом случае в регистр "НДФЛ к зачету"?

(5) НДФЛ "от сотрудника" не внести никак
тут надо посмотреть регистры накопления связанные с НДФЛ и понять откуда вылазит ваш минус

(5) еще раз, начислено 100, исчислено 0, удержано 0, на взыскание 13

"на взыскание 13" - откуда приходит? Смотри рг.накопления НДФЛ к зачету, если эти 13  в нем - то документ  "корректировка рг накопления" тебе в руки, в нем все делается.

НДФЛ к зачету, пустой

см. остальные рг накопления со словом НДФЛ