можно ли так сделать при включенном контроле остатков, конкретный товар разрешить продавать в минус, штатными средствами ?

штатными нет

(1) а то я тут дописал запрос в модулях) ЗапасыСервер и ПроведениеСервер, добавил флаг продавать в минус в номенклатуре, а тут вылезло в другом месте, вот я решил поинтересоваться. придется переписывать)

Самое простое - оприходовать некоторое количество несуществующего товара - тогда он будет продавать в рамках этого количества, а перед окончательным расчётом - списывать это количество.
Только вот - по закону - нельзя торговать тем, чего у тебя нет, хотя - поставка под заказ - вполне может быть (но для неё нужно иметь договор с поставщиком на поставку этой номенклатуры и протокол согласования цены).

(3) да я программно дописал, просто сейчас нет возможности провести полную инвентаризацию на предприятие, а хотят потихоньку все привести в норму, такой выход как разрешить продажу определенного товара, их и устраивает. такие предприятия что ли не встречали)))

геморно это...навскидку, чтоб не курочить конфу: делать внешнюю обработку заполнения табличных частей и хранить список нужных товаров в текстовом файлике.

(5) 2 строчки в конфе дописать, или обучать людей) я выбираю первое))

/*пожимая плечами*/ хозяин - барин. Я б лучше подолбался и сделал без изменения. А то видал я, как 2 строчи поменячнные в конфе, за пару лет превращаются в гемор при обновлении. Но этотока мое имхо :)

Виртуальный склад без контроля остатков спасет ТС

Т.е, штатными да. Кстати название темы и сообщение автора противоречат друг другу.
а продавать в минус можно еще через интеркомпани

(9) да вот я и написал, мне нуф нуф (1) ответил, вот я уже и сделал не штатными) а теперь когда появляется такая возможность обидно)