Подскажите можно ли в отборе сделать так, что бы отбирались все значения, за исключением определенного значения.
    Отбор = Новый Структура;
Отбор.Вставить("Контрагент", НЕ "Удаленные");  ну что то типа такого.

Именно так нет. Задачу конкретнее озвучь.

вид сравнения не равно отменили?

(1) Да понятное дело что именно так нет. Просто как сделать структуру отбора в которой обиралось всё, за исключением определенного значения.
к примеру
Отбор = Новый Структура;
Отбор.Вставить("Контрагент", "Удаленные");  если так то отберем все где есть удаленные, а как сделать наоборот, отобрать всех кроме удаленные

(3) Я за запрос

(3) Нет. Так нельзя. См (4)

(4)(5) Да я по ходу тоже за запрос, просто подумал, а вдруг.

(6) где отбор делаешь? По ситуации подходит "не в списке".

(6) Чтобы не думать про вдруг, достаточно прочитать документацию

Запрос, в запросе условие на пометку на удаление

Текущее Состояние не равно уволен, не?