Соответствие материалов можно делать по названию, что всегда приведет к ошибкам, есть различия.
Соответственно, охота составить для обработки некий справочник из двух столбцов.

В одном столбце название1 чужой БД, в другой родной название2.
Сперва формируется программно по похожести, потом по ходу дела правится оператором, и запоминается.


Кто нибудь сталкивался с таким?

да

По наименованиям - очень тупая идея.
В любой нормальной базе есть уникальный ключ для каждой записи (да, в 1с - тоже)

(1) http://img3.wikia.nocookie.net/__cb20110809182235/fallout/images/c/c0/VaultBoyFO3.png

(0) соглашусь с (2) с оговоркой, что для пользователя лучше конечно выводить пары наименование - ссылка, чтобы он задал соответствие, а уже в дальнейшем использовать пары уникальных идентификаторов. Причем сперва убедиться, что наименование в первой базе уникально. Основательно так убедиться, а не поверить на слово.

(4) нужно не убеждаться, а просто знать. знать, что (2)

(0) у нас именно так сделана интеграция УАТ с КМАЗС.

Я так понимаю, что для хранения соответствий изначально выбранных программой, а потом правленных руками пользователей - нужно создать новый справочник, где хранить соответствующие идентификатры материалов.

Других путей нет?

(7) т.к. не указана конфа 1С но вангую что типовая, тогда можно юзать допреквизиты у номенклатуры

точно! ок.

(10) по поводу твоего вопроса в мыле: где хранить данные