Имеем регистр остатков.

Документ Начисление услуг 00000000127 от 30.09.2014 17:45:58 проводим - имеем такую картину:
http://savepic.org/6334432.jpg

Отменяем проведение - такую:
http://savepic.org/6338528.jpg

Как начальный остаток может так меняться?

ну как же. Вам отчет показывает нач остаток на начало каждого регистратора. А в вышестоящих группировках сумма этих остатков.
Если делаете группировку по регистаторам, не смотрите на нач и кон остатки в вышестоящих группировках.

(1) Движения 30 сентября, а начальный остаток меняется на 1 сентября. Как такое возможно?

(2) Посмотрите текст запроса построителя перед формированием отчета.

(2) отчет у тебя кривой

(2) При использовании группировки по регистраторам в строке с каждым регистратором в поле "нач остаток" отображается остаток не на начало периода отчета, а на момент времени регистратора.

+5 ааа, фигня есть. в группировке "счетчик" даже не сумма нач остатков нижней группировки.

(0) дай картинку консоли запросов виртуальной таблицы остатки на 31.08.2014 23:59:59, на 01.09.2014 0:0:0

для обоих случаев. т.е. должно получиться 4 картинки

или запрос скд покажи

(0) Итоги по регистру пересчитай..

(0) роли периодов, игнорировать значение Null у регистратора

Убрал в запросе у таблицы остатков периодичность "Регистратор" и, соответственно сам регистратор из запроса - все ОК.

(11) периодичность авто, выбрать регистратор, установить ему роль Период 1 и галку игнорировать значение Null, выбрать ПериодСекунда, установить ему роль Период 2. регистратор выбирать выражением выбор когда неопределено тогда null иначе регистратор конец.