Здравствуйте, подскажите пожалуйста. Есть адресный склад с сформированной топологией, с ним уже работают. Можно ли в будущем обновить эту топологию при расширении склада? Каким образом, если можно? Какие минусы может повлечь изменение топологии склада?

Создаешь новую топологию.
Переносишь остатки в новые ячейки. Старые ячейки помечаешь на удаление.  Никаких проблем не должно быть.
  Если захочешь удалить старую топологию, тогда запускаешь обработку "Поиск и замена значений" и заменяешь все ссылки на старые ячейки на одну ячейку.
  Либо сворачиваешь базу.

(1) Тогда возникает вопрос о переносе остатков, как его делать? Перемещением?

Перемещением по ячейкам. А можно в старых ячейках списать в 0 а в новых оприходовать. Но лучше перемещение.
  В Ут11 тяжело будет удалить старую топологию.

(3) Спасибо за разъяснения.

(0) расширение = добавление ячеек(можно обработкой и не пользоваться), ничего изменять не нужно
раскладываете новый товар в них или перемещаете из старых ячеек

Появился еще один вопрос) Есть Обычный склад, я включаю в настройках ордерную схему. Далее создаю адресное помещение в данном складе. Как мне переместить номенклатуру внутри этого склада (с этого склада в адресное помещение в нем)? Простым перемещение этого не сделать как я понял.

Правильный ответ в (5)

(7) Это я понял уже, но появился вопрос еще один (6)

Создаешь новый склад. Включаешь там ордерную схему. Создаешь помещения. Ячейки.
  Потом перемещаешь.

(9) С новым все ясно, но его не хотят создавать. Хотят в текущем включить ордерную схему, добавить адресное помещение и переместить внутри склада....