В консоле запросов, написал небольшой запрос. Вывожу количество товара по складу на начало и на конец периода. Дата конца всегда ставлю одинаковую, меняю именно дату начала.
Например с 01.01.2014 по 01.06.2014 На конец периода, количество: 12
с 31.05.2014 по 01.06.2014 на конец периода, количество: -60

пересчитай итоги

+(1) Если не поможет - запрос покажи.

(1) Я полазил в интернете, нашел упоминания про итоги и восстановление последовательности. Второе стоит вообще делать?

Текст запроса
ВЫБРАТЬ
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток,
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток,
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.КоличествоПриход,
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.КоличествоРасход
ИЗ
    РегистрНакопления.ОстаткиТоваровКомпании.ОстаткиИОбороты(
            &Дат1,
            &Дат2,
            ,
            ,
            Номенклатура = &Номенклатура
                И СкладКомпании = &СкладКомпании) КАК ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты
ГДЕ
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.СкладКомпании = &СкладКомпании
    И ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.Номенклатура = &Номенклатура

жесть, отойди от 1с и позови взрослого 1сника

(5) что не так?

(5) Ты про это:
ГДЕ
    ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.СкладКомпании = &СкладКомпании
    И ОстаткиТоваровКомпанииОстаткиИОбороты.Номенклатура = &Номенклатура

Я знаю.

(7) Не надо так делать. Хотя в принципе, это не влияет ни на что.
Пересчитай итоги, короче. Восстановление последовательности тут не при делах.

Скажу, что пересчет итогов не делал еще. Потому что последний пересчет итогов стоит с 31.01.15 по 28.02.15. А заново сделать пересчет итогов за предыдущий год, - таких настроек не вижу.

(9) в конфигураторе: ТИИ и галочка Пересчет итогов.

(10) не знал, спасибо.

(4) Чему равны Дат1 и Дат2 ? Точно скажи.

(12)
01.01.2014 по 01.06.2014 в первом случаи
31.05.2014 по 01.06.2014 во втором случаи

Думаешь что то упускаю?