Блин, почему вот работает:
|...
|ИЗ
|РегистрБухгалтерии.Налоговый.ДвиженияССубконто(
        |                &НачалоГода,
        |                &КонецПериода,
        |                СчетДт = ЗНАЧЕНИЕ(ПланСчетов.Налоговый.ПрямыеРасходыОсновногоПроизводства)
        |                    И Организация = &Организация
        |                    И ВидСубконтоДт2 = ЗНАЧЕНИЕ(ПланВидовХарактеристик.ВидыСубконтоХозрасчетные.НоменклатурныеГруппы)
        |                    И СубконтоДт2 <> ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.НоменклатурныеГруппы.РаспределяемыеРасходы)

а вот так не работает?!:

|...
|ИЗ
|РегистрБухгалтерии.Налоговый.ДвиженияССубконто(
        |                &НачалоГода,
        |                &КонецПериода,
        |                СчетДт = ЗНАЧЕНИЕ(ПланСчетов.Налоговый.ПрямыеРасходыОсновногоПроизводства)
        |                    И Организация = &Организация
        
        |                    И СубконтоДт2 <> ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.НоменклатурныеГруппы.РаспределяемыеРасходы)

а вот так работает:
|...
|ИЗ
|РегистрБухгалтерии.Налоговый.ДвиженияССубконто(
        |                &НачалоГода,
        |                &КонецПериода,
        |                СчетДт = ЗНАЧЕНИЕ(ПланСчетов.Налоговый.ПрямыеРасходыОсновногоПроизводства)
        |                    И Организация = &Организация
        
        |                    И СубконтоДт2 = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.НоменклатурныеГруппы.РаспределяемыеРасходы)

Что значит "не работает"?

отбор по отрицанию субконто в параметрах виртуальной таблицы не отрабатывает без объявления вида субконто там же в параметрах

это фича или баг?

(6) это основная теорема мироздания. Суть ее в том, что в запросах

NULL <> Значение всегда дает ЛОЖЬ.

И NULL = Значение тоже всегда дает ЛОЖЬ

ну где же здесь NULL:
        |                    И СубконтоДт2 <> ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.НоменклатурныеГруппы.РаспределяемыеРасходы)

?

или это правило №2?

СубконтоДт2  null

нифига, вот так отрабатывает:
И СубконтоДт2 = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.НоменклатурныеГруппы.РаспределяемыеРасходы)