СубконтоДт = Новый Соответствие;
        СубконтоДт.Вставить(Новый Структура("Код", "00005"), ТекущаяСтрокаРезультатЗапроса.Контрагент);
        СубконтоДт.Вставить(Новый Структура("Код", "00016"), ТекущаяСтрокаРезультатЗапроса. Договор);

Надо проверить значение,
СубконтоДт.Получить(Новый Структура("Код", "00005"));

выдает Неопределено, как быть?

Конечно "Неопределено"
Это разные структуры, в которых хранятся одинаковые значения.

а зачем в качестве ключа использовать структуру?

(0) СубконтоДт = Новый Соответствие;
        СубконтоДт.Вставить("00005", ТекущаяСтрокаРезультатЗапроса.Контрагент);
        СубконтоДт.Вставить("00016", ТекущаяСтрокаРезультатЗапроса. Договор);

Надо проверить значение,
СубконтоДт.Получить("00005");

Т.е.
Новый Структура("Код", "00005") <> Новый Структура("Код", "00005")

ТС ты крут

(4) Именно

(3) тоже неопределено
(4) и что делать?

(7) Посмотреть, как реализовано в (3)

(7) >>(3) тоже неопределено

ЛПП!

(8) это в обмене реализовано так передача субконто, переделать думаю не могу

(3) не посмотрел что создание соответствия переделано

в приемнике то он как то получает эти значения

(12) Циклом получает.

Структура в качестве ключа? Оригинально!

Интересно, что за обмен, кого  с кем, и кем написанный?
Коды забитые вручную - это сильно

(15)
http://catalog.mista.ru/public/120035/

(16) javascript:void(0);

(17) Сорри, не то.

отбой, все получилось
в ПКС ПриВыгрузке можно проверить значение Субконто