Есть ли возможность, не проходя по всему Справочнику,
заполнить у справочника некий реквизит значением?

Для всего справочника значение одно и тоже.

Если можно то как?

нет

Просто когда добавляешь этот реквизит в конфигураторе, поставь значение по-умолчанию.
Если реквизит уже есть, то нет. Ну или удалить его, и заново добавить со значением по-умолчанию

(0)Какой смысл в этом реквизите если он у всех одинаковый?

(2) это где в 1с задаётся значение по умолчанию?

2(4) чорд... уж и пофантазировать нельзя..

(4) в конфигураторе для примитивных типов можно установить любое

(3) это временное значение. Некий флаг.
Например обрабатывался элемент или нет.

если Булево - то можно назвать реквизит так, чтобы значение по умолчанию было ложь.

(6) Это значение будет заполняться при создании нового элемента. Для старых ничего не изменится

Прямой Запрос
v8: Перевод Запроса 1С в SQL?

для любителей SQL всегда есть возможность сделать это прямыми запросами к БД 1С на SQL

(0) Эх, мечты, мечты... Может когда-нибудь и разрешат нам и UPDATE, и INSERT. Но думаю, не раньше, чем Боря надумает вылезти на рынок BI.

нужен объектный DML имхо

(13) У тебя он уже есть

(14) ерунда это, резали базу 1С делало один регистр несколько часов - SQL пару минут

(11) Кстати как менять то предложите  если есть необходимость в этом ? В цикле перебирать ? Или открывать ветку о неправильной архитектуре решения ?

в1с лезут даже не программисты
если дать им возможность правки обьектов по частям то базу превратят в кашу
если нужно менять флажки для обьекта то создаём регистр сведений и где мучаемся но только потом нужно не забывать в него записывпть

Нук в типовых делают через планы Видов характеристик и регистр сведений - задают значение по умолчанию. Получается экономия! Значение по умолчанию места не занимает и только при смене реквизита появляется запись.

(18) Это как, можно подробнее?

(19) Регистр сведений - объект свойство значение. В планах вида значение по умолчанию.