Выполнил действия:
Если не работает отладка в 1С 8.2 и 8.3

Остановить службу 1C:Enterprise 8.2 Server Agent
Запустить редактор системного реестра. Что бы открыть редактор реестра необходимо нажать Windows + R (или Пуск-Выполнить) ввести в командную строку regedit.
Найти ветку реестра [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\services\1C:Enterprise 8.2 Server Agent\]
Находим свойство «ImagePath»= , добавляем в строку «-debug».
Записываем и запускаем службу.

Тем не менее, при выполнении в 1С:УПП отладчика по шагам нет захода в процедуры общего модуля, имеющего свойство "Сервер".
Процедура формирует неправильный результат, но отследить ход ее выполнения не могу. Что я еще должен сделать, чтобы отладчик работал по всем шагам?

может, модуль без исходных кодов?
А ещё иногда играет роль расположение -debug в командной строке

еще порты нужно открыть

и в конфигурации включить автоматическое подключение к серверу

и посмотреть рег. задания, может твоя ф-я через них запускается, как отчеты на БСП.

(4) фоновые.

(5) в УПП? Туда тоже это непотребство встроили?

(6) На счёт УПП - не знаю, я просто предположил причину, чего оно по точке останова не попадает.

(0) в отладке включить автоматическое подключение фоновых заданий

(0) Автор, скажи уже, не дебажится обычный серверный вызов или таки фоновое задание?

Делаю точку останова при вызове УправлениеЗапасамиПартионныйУчет.СписаниеПартий(.....)
и затем по F11 Хочу шагнуть в эту процедуру. Программа выполняет процедуру и переходит  к следующему за точкой останова оператору. Так понятно? Т.е. "дебажу" обычный серверный вызов.

(10) Покажи код, который хочешь отдебажить?

// Проведение по партиям остановим в том случае, если не хватит хоть одного комплектующего.
    УправлениеЗапасамиПартионныйУчет.ДвижениеПартийТоваров(Ссылка,Движения.СписанныеТовары.Выгрузить(),,,,,Истина);
    
    ДвиженияПоРегистрамУпр(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоКомплектующим, ТаблицаПоКомплектам, Отказ, Заголовок);

Не могу зайти в ДвижениеПартийТоваров.

Документ.КомплектацияНоменклатуры.Модуль объекта(983, 2)

Если это здесь, то зашел только что в эту строку, всё зашло, остановилось где нужно.

(0) А у меня несколько версий платформ было установлено. Соответственно и веток реестра несколько:
1C:Enterprise 8.2 Server Agent
1C:Enterprise 8.3 Server Agent
1C:Enterprise 8.3 Server Agent (x86-64)
Ты точно для той службы поставил ключ запуска?