Т.е. при подборе выделять уже подобранные ссылки?

Можно. ОформлениеСтроки

при выводе строки (как я понял, это подходящий обработчик) дин списка

(0) Условным оформлением.

(1) а на что это оформление будет опираться - как в дин списке понять, что ссылка входит в массив ссылок

Передавать параметром в форму выбора?

(4) Передавай массив параметром, соединяй свою таблицу с ним и выводи ещё одно поле ЕСТЬNULL(массив.Ссылка, Ложь, Истина)

в запрос передать параметр типа массив, и основную таблицу соединить с таблицей на которую наложено условие на вхождение в массив?

типа:
ВЫБРАТЬ
Ссылка,
СсылкаВМассиве
Из Справочник
ЛевоеСоединение Справочник КАк Справочник1
По Ссылка = Справочник1.Ссылка
И Справочник1.ссылка В (&Массив)
?

Выбор когда Ссылка в(&МассивСсылок) ТОГДА Истина Иначе Ложь КАК СсылкаВМассиве

а разве у УО не может быть тип сравнения ВСписке?

Элемент = УсловноеОформление.Элементы.Добавить();

ПолеЭлемента = Элемент.Поля.Элементы.Добавить();
ПолеЭлемента.Поле = Новый ПолеКомпоновкиДанных(Элементы.ТвойЭлемент.Имя);

ОтборЭлемента = Элемент.Отбор.Элементы.Добавить(Тип("ЭлементОтбораКомпоновкиДанных"));
ОтборЭлемента.ЛевоеЗначение = Новый ПолеКомпоновкиДанных("Ссылка");
ОтборЭлемента.ВидСравнения = ВидСравненияКомпоновкиДанных.ВСписке;
ОтборЭлемента.ПравоеЗначение = МассивСсылок;

Элемент.Оформление.УстановитьЗначениеПараметра("ЦветТекста", ЦветаСтиля.КакойТоСтиль);

Работоспособность не провел, просто в качестве идеи...

(10) не прокатывает вроде

не массив, а список

(11) нуну

И использование в отборе забыл

(14) я не претендую, на то что взлетит ;)

(15) Да взлетит. Просто не все же за него писать. Самому тоже нужно думать.

(14) и не только в отборе

(10) а понял - программно устанавливать
а я пытался через реквизиты и прочие объекты формы
проще через параметр
Ссылка в(&МассивСсылок) КАК СсылкаВМассиве

(18) ну в типовых УО программно создается...

(19) И это не спроста. Такова рекомендация 1С

(20) "Это "ж-ж-ж" неспроста!" (с)

(20) а в двух словах... почему?