Пытаемся свести воедино 2 конфигурации с одной типовой основой. Первая база привязана к хранилищу. Добавляем в нее реквизиты из второй базы. Подключаем вторую базу к этому хранилищу. В предприятии видим, что все реквизиты добавленные пустые. Идем другим путем. Конфигурацию второй базы через сравнение/объединение с хранилищем обновляем. Реквизиты на месте и заполнены. Конфигурации получаем идентичные. Снова подключаем к хранилищу вторую конфигурацию, и снова получаем пустые реквизиты. Кто сталкивался? как быть?

(0) Если верно понял что описано, то это нормальное поведение хранилища. Что хотите получить то?

Как вариант -  если сшитая конфа это последнее что хочется чтобы было, то создай из нее новое хранилище и не парься.

(1) Хотим получить 2 базы, подключенные к 1 хранилищу (с сохранением всех реквизитов).

(3) Реквизиты сохранены

(3) вы копипастом перенесите реквизит из одной конфы в другую, вы наверно вручную фигачите.

(0) механизм поиска соответствий реквизитов при сравнении-объединении и при загрузке (а подключение - это загрузка) разнятся. Некуй было добавлять реквизиты копипастой.

(5) Конечно, "копи/пастом" делали.

(7) грязные язычники

(7) Делайте сравнением/объединением.

Или пересоздайте хранилище конфигурацией из второй базы

(10) Боюсь, что в первой полетит что-то...

(11) У вас 2 _разных_ конфигурации. Чтобы их запихнуть в одно хранилище - надо сделать одинаковую конфигурацию

(3) Две базы подключенные к одному хранилищу должны иметь одинаковую конфигурацию. При подключении к хранилищу, конфигурация базы данных (сначала основная) будет заменяться на конфигурацию из хранилища. Замена происходит по принципу "Загрузка конфигурации". Так что, х.з. чем помочь. Можно попробовать создать третью базу подключенной к хранилищу и перенести в нее через xml данные из второй. Вторую выкинуть.
Лучше проверить.

тоже иногда злоупотреблял копипастой, может кто знает как поменять внутренние идентификаторы метаданных?

Удалили реквизиты из хранилища, сравнением с конфигурацией второй базы добавили их. На вторую базу накатили полученную конфигурацию из хранилища. И реквизиты целы! Всем спасибо.