Типовая обработка удаления показывает
Справочник ДоговорыКонтрагентов используется в Контрагентах 0о
Не могу удалить порядка 10 элементов.

ах же ты .. контрагенты разные в основном наверное .

а нет ....Договора не основные ...

Автор, автор, не молчи, мы волнуемся.
Что там?
Основные договоры все-таки?

нет

тестирование сделал ошибок нет. Что за печаль то ...

(5) Прости, что сделал?
Тестирование? В смысле то, которое тестирование и исправление?
А зачем?

(6) да, а какие ещё варианты? В любой непонятной ситуации на маленькой базе жми ТиИ )))

(7) Мда. Ну удачи.
Я бы вообще поискал в метаданных, где могут быть ссылки на договор.

(8) на поддержке конфа. Обычное удаление казалось бы

(8) да смотрел уже в отладке - ничего подозрительного

Покажи на картинке

http://s018.radikal.ru/i525/1607/56/3fe3a49496a5.png

проверка конфигурации закончится скину скрин отладки

(13) Какой скрин?
В контрагенте только реквизит "ОсновнойДоговорКонтрагента" может ссылаться на договор, с какого-то релиза БП 3.0 убрали основные договоры, вот он и сидит там по-прежнему

Ну а вообще ИР тебе в помощь

Попробуй "Удаление объектов с контролем ссылок" http://devtool1c.ucoz.ru/index/udalenie_obektov_s_kontrolem_ssylok/0-41