Я не знаю как было раньше, но со слов юзеров "Раньше отчет можно было формировать только по организации к который ты относишься", а сейчас отчеты могут формировать все и по любой организации
Как сделать, чтобы отчеты формировались только по "своей" организации?
в ролях такого нет

о какой конфигурации и типовом профиле речь идет?

(1) Управление Медицинским Центром от 1БИТа

(2) Почему обратились к Вам, а не в первый бит?

(3) ну так вот)

Справочник "Группы пользователей" там есть?
Если есть, то через него RLS настраивается (при указании определённых ролей)

1. убрать у пользователей полные права
2. включить настройки "ограничение прав на уровне записей"

(5) да

(6) нету полных прав

(5) а что такое РЛС

(6) а где эти настройки?

дальше поисковиком

Если есть BackUp-ы того, что было раньше, то можно их посмотреть.
Также, вполне вероятно, что старые пользователи в правах ограничены и на сейчас тоже.

(12) да они свистят, раньше так же было
просто нужно это устранить

Как ещё это можно сделать ?(

Самый простой вариант - разрешить доступ только к нужной организации - тогда другую просто выбрать не смогут.
Соответственно, нужно, чтобы где-то пользователи к организации привязывались - а потом в разрешения организации прописать выборку из этого где-то.

(15) Ну вот это я и хз где найти

А ещё, наверное, у пользователя в настройках есть основная организация, и если её заполнить, то в отчёт по умолчанию она и должна попадать.

да, она попадает, но у них есть возможность выбрать другие

http://yandex.ru/search/?text=1с+доступ+к+справочникам+на+уровне+записей+организация

http://catalog.mista.ru/public/103738/
http://blog1c.ru/1c-8x/rls.html