В регистре накоплений, при пустом регистре, имею в запросе из остатков значения, откуда они взялись?
перепроведя все документы прихода и расхода имею некорректные цифры.

а регистр точно пустой?)Может у вас там отбор какой стоит?))Ну так чисто..."а вдруг"

Базу сделал абсолютно пустой, нет записей в документах прихода и расхода, которые регистраторы для них.
Но цифра в запросе показывает один из некогда сущестовавших расходов

В любой непонятной ситуации пересчитывай итоги

Все также загадачно...

а если сам регистр открыть, там записи есть?

(5) в регистре пусто, но значение откуда-то берется

Это другой регистр

битые ссылки. Обычно такое бывает, если база имеет какие-то обмены. Прогружаются наборы записей, которые неотображаются стандартными средствами. Сделайти ТИИ с восстановлением битых ссылок - в порядке эксперимента на копии для диагностики

(8) Если битые ссылки, то в форме списка всё равно должен отображаться, если отборы все отключены и период без ограничений

(6) а если просто пересчитать итоги?

Похоже проблема была из-за формы, вроде исчезла