Набор =    РегистрыНакопления.РасходыПоВидамДеятельности.СоздатьНаборЗаписей();
    Набор.Отбор.Регистратор.Установить(Ссылка);
    Набор.Прочитать();
    Набор.Очистить();
    Набор.Записать(Истина);

Записи читаются, набор очищается, но не записывается, почему?

Нафига Прочитать и Очистить?

(1) думаешь, это мешает удалению?

Нет, это тупо лишний запрос к БД и  несколько операций с копией объекта в пямяти. Когда так пишут, то явно не понимают что. такое "набор записей". От сюда вывод, что вопрос ТС не корректен, и там все нормально удаляется.

пробуй ОбменДанными.Загрузка = Истина
ну или сразу смотри модуль регистра

(3) ставлю точку останова после Набор.Записать(Истина); после останова перезапускаю отладку, смотрю в регистр - записи на месте

(5) Рекомендую дать возможность транзакции зафиксироваться.

млин, запутался ...
описание проблемы: удалили вид деятельности - в регистре образовалась запись с <объект не найден>, соответственно и в отчет лезет. Поскольку перепроведение доков эту запись не удаляет, я решил, что нужно перед проведением удалить весь набор записей по регистратору (сейчас вроде въезжаю, что это ни к чему?) Но откуда тогда получается <объект не найден>?

определение вида деятельности происходит в обработке проведения - по идее вид деятельности должен переопределиться, но почему этого не происходит?

(0) Смотри модуль набора записей - там может быть много интересного. И записи могут появляться магическим образом, причем не только в этом регистре ;)

удалили вид деятельности - в регистре образовалась запись с <объект не найден> - искали ссылки с этим видом перед удалением? или просто грохнули с полными правами?

(9) (10) регистр вообщем не причем
разобрался - битая ссылка лезет из другого дока. При проведении ВидДеятельности так и определяется как ОбъектНеНайден
Тему можно закрывать.