Запускаю процедуру вручную, все нормально, помещаю кусок когда, который должен регламентом ночью отрабатываться, тоже все нормально, все отрабатывается.
Когда работает регламент, он выдает что ошибка, такой записи мол в регистре сведений нет.
В чем может быть дело и куда копать?

такой записи мол в регистре сведений нет

Значит записи действительно нет. Или пользователь, под которым фоновое задание к ней доступа не имеет.

(2) запись есть, а фоновое под полными правами

(0) Что за регистр? Может он перезаписывается регулярно и в момент выполнения задания записи действительно нет, а когда проверяешь ее наличие есть? Или В разное время разные записи нужно получить?
Короче, нужно больше информации.

(4) Регистр статичен, записи там есть.
Запускается регламент, выполняется процедура, она лезет в другую процедуру, где происходит запрос, запрос тащит данные и  какой-то части данных в нем почему-то нет, хотя они есть:

    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |    SC_РегионыРасчета.Регион,
    |    SC_РегионыРасчета.Макрорегион КАК Макрорегион
    |ИЗ
    |    РегистрСведений.SC_РегионыРасчета КАК SC_РегионыРасчета
    |ГДЕ
    |    SC_РегионыРасчета.Период МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода
    |ИТОГИ ПО
    |    Макрорегион";
    Запрос.УстановитьПараметр("НачПериода", НачПериода);
    Запрос.УстановитьПараметр("КонПериода", КонПериода);
    Результат = Запрос.Выполнить().Выгрузить(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкамСИерархией);
    СтруктураРегионов = Новый Структура;
    Для Каждого СтрУр1 Из Результат.Строки Цикл
        СписокРегионов = Новый СписокЗначений;
        Для Каждого СтрУр2 Из СтрУр1.Строки Цикл
            СписокРегионов.Добавить(СтрУр2.Регион);
        КонецЦикла;
        СтруктураРегионов.Вставить(СтрУр1.Макрорегион, СписокРегионов);
    КонецЦикла;
    СтруктураНастроек.Вставить("СтруктураРегионов", СтруктураРегионов);


А когда вручную запускаешь всё всегда есть...

НачПериода, КонПериода?

КонПериода норм, а вот НачПериода не пишется в регистр нивкакую, я даже понятия не имею почему

Чудеса, с 20го раза сработало. Но меня это не устраивает.

(8)
> с 20го раза сработало
кэш/права наконец-то обновились, не?

(8) отладчиком в регламентное задание пробовал ?