Платформа 8.3.8.2167, конфигурация последняя. База протестирована, выгружена и загружена, каталог пользователя почищен. Документы перепроведены групповым перепроведением документов.
Организация оказывает услуги помесячно. У некоторых покупателей, по одному и тому-же договору, одной и той-же услуги в документе реализации примерно с 01 ноября 2016г при оплате на р/с  сумма оплаты перестает попадать в графу 5. Хотя поступление денег на Р/с погашает задолженность по этому документу отгрузки.
Если сумму оплаты увеличить, то сумма выше суммы отгрузки попадает в графу 5. Такое  впечатление, что программа считает, что по отдельным документам отгрузки сумма в графу 5 уже раньше попадала. Но это не так.
Учетная политика не менялась.
Куда копать?

смотри регистры УСН, по движениям документа посмотри какие. Должны быть типа ВзаиморасчетыСКонтрагентамиПоУСН, где то в них поплыли остатки с обороткой

(0) енвд что ли?

(1) Таких регистров не нашел.
(2) УСН, Доходы минус расходы.

(3) тогда документ реализации вообще не при делах. Графа 5 заполняется в документе оплаты.

(4) Ты прав. Только "Если сумму оплаты увеличить, то сумма выше суммы отгрузки попадает в графу 5."

(5) так и должно быть. В графу 5 попадает вся оплата.

(6) Должна попадать вся, а попадает разница.
Хотя в другом месяце по этому же покупателю и договору, но другому документу отгрузки и оплаты попадает вся. Такое впечатление, что побит какой-то регистр.

вид операции какой? оплата от покупателя? и вид договора?

(8) Реализация услуг, вид договора - с покупателем, Оплата от покупателя.
Документы реализации копируются с предыдущего месяца.

up

(10) где-то в настройках должно быть указано Порядок отражения авансов покупателя для целей налогообложения. Должно быть "Доходы УСН".

в БП 2.0 в учетной политике, а в БП 3.0 не знаю где это.

то есть походу у вас авансы попадают в момент реализации.

Посмотри движения документа и сравни записи по регистрам.

Локализуя проблему, узнал, что роковая дата - 01.11.2016г. Т.е. документ оплаты от 31.10.2016, который попадает в 5 графу переношу в 01.11.1016 (а также и в 2017г) - и он перестает попадать в 5 графу. Обратное перемещение тоже работает.
Оказывается, в новой 8.3 учетную политику разделили и сильно упростили. Регистр "Учетная политика" - многократно проверенный - не менялся.
А в справочнике "Номенклатура" добавили пункт "Система налогообложения" со своей историей. В ней оказалось 2 одинаковых значения: одно от 2006г и второе от ноября 2016г. Удалил второе - все заработало как и должно быть.