Первая строка вызывает ошибку, вторая выполняется
ЗаписатьXML(ЗаписьXML, Структура1);
СериализаторXDTO.ЗаписатьXML(ЗаписьXML, Структура1);

Опечатка в заголовке. Верно так:
Почему структуру нельзя xml-сериализовать, но можно xdto-сериализовать?

Подниму

(0) почему нельзя? можно. Только сначала раскладываешь её на примитивные типы, и потом каждый из них по отдельности.

А в  xdto не надо раскладывать на примитивы.

(0) хз - но нам с этим жить :)

потому, что с сериализатором xdto связана дефолтная фабрика, в которой содержатся описания всех типов, существующих в конфигурации. То есть - в фабрике всё разложено на примитивы.

(3) это будет не сериализация

(7) а кто сказал, что запись в XML - это сериализация?

(8) из СП:
ЗаписатьXML (WriteXML)
Вариант синтаксиса: Записать без имени

Синтаксис:

ЗаписатьXML(<ЗаписьXML>, <Значение>, <НазначениеТипа>)
Параметры:

<ЗаписьXML> (обязательный)

Тип: ЗаписьXML.
Объект, через который осуществляется запись XML.
<Значение> (обязательный)

Записываемое в поток XML значение. Тип параметра определяется совокупностью типов, для которых определена XML-сериализация.

У 1C-а всё своё, даже XML свой, необычный, ну не могут они по стандарту делать как все, смирись и ищи косыли как всегда.

(10) неправда. просто ГлобальныйКонтекст.записатьXML не содержит всех типов, которые у тебя могут лежать в твоей структуре. А СериализаторXDTO с глобальной фабрикойXDTO - содержат/

(11) правильно и это логично, потому что 1с везде пропихивает свои типы, даже постгрес сломали своими типами, в итоге имееем 1СXML.
"СериализаторXDTO с глобальной фабрикойXDTO" - этож чистая поделка 1с к хмл отношения не имеющая

(9) ключевая фраза [для которых определена XML-сериализация.]

(12) ты утверждаешь, что то, что получается с помощь. сериализаторxdto.записатьxml - неправильный xml?

(12) поподробнее, плиз

(13) да, я это и говорил товарищу в (8)

(16) попробуйте элемент справочника записать.

(17) зачем?

(18) поэкпериментировать. массив еще попробовать.

(19) вопрос озвучен в (0)

(20) вы просто свое (9) недочитали до конца. А там написано

Примечание:

Значения не всех типов могут быть записаны в формате XML данным методом.
В XML могут быть записаны значения следующих типов: Неопределено, Null, Булево, Число, Строка, Дата, Тип, УникальныйИдентификатор, ДвоичныеДанные, ХранилищеЗначения, ОписаниеТипов, а также ссылки объектов данных и сами объекты данных, наборы записей регистров, менеджер значения константы. В дальнейшем список может пополняться.