На форме есть динамический список, показывающий справочник в виде дерева (справочник иерархический) с отбором ПометкаУдаления=Ложь.
Если помечен на удаление элемент, то он не отображается. Но если помечена группа, то она все равно отображается в дереве.
Почему?

Такова задумка. Сделана, потому что иначе непонятно как должен отображаться не помеченный элемент, находящийся в помеченной группе

А если все элементы в группе помечены? Эту задумку обойти никак нельзя?

(2) Сделай своё дерево значений вместо динамического списка

Но тут уже затраты не те

(4) Наличие пустой папке напрягает только теба, а не пользователей. ИМХО.

(2) а если все-таки не все? Ответь сначала на этот вопрос

Дык если пользователь насоздавал 100 лишних папок: то ему руки отрезать проще?)

(0) Видимо потому что разработчики платформы (как и многие сиплюсплюсники) считают программистов 1С недостаточно умными чтобы управлять данных поведением самостоятельно.

(7) можно их непосредственно удалить

(2) Устроиться в фирму 1С в отдел разработки платформы, реализовать хотелку, уволиться из 1С.