ЗУП 2.5
Подскажите, почему удержанный налог разбился на два периода?
Галочки(Сервис-Параметры учета) :
Упрощенный учет взаиморасчетов.ДА
Взаиморасчеты по зарплате ведутся в разрезе месяцев ее начисления. ДА
http://prnt.sc/f3l9h4

Жаль картинок не вижу, раз разбивает, значит даты получения дохода разные. Если удержанный меньше имсчисленного, то смотрите регистр сведений "НДФЛ к зачету".

регистр сведений = регистр накопления

а если данный регистр у меня пустой?

(3) Посмотрите регистр накопления "НДФЛ расчеты с бюджетом". Там будет видно, какой документ сделал запись. Если вы поменяли галочки позже, чем провели документы, то их надо будет перепровести.

начисляю зарплату за январь, проверяю регистр НДФЛ расчеты с бюджетом, ПРИХОД ЕСТЬ

выплачиваю зарплату , проверяю регистр НДФЛ расчеты с бюджетом, РАСХОД ЕСТЬ но отличается от начисленного

(5) Выплачиваете в полном объеме или частично?

(6) В полном

(7) Отмените проведение февраля, пересчитайте январь.
И - только ЗП или еще чего?

(8) документы всех последующих месяцев отменены изначально. и только после этого рассчитан январь. только зп

(9) "Рассчитать с комментарием" что говорит?

Доход за период, всего: 46 000
На дату получения дохода 31 января 2017 г. исчислено налога: 5 980
Облагаемый доход нарастающим итогом за год: 46 000
Вычеты не применялись
Исчислено налога нарастающим итогом за год: 5 980
Исчислено налога за месяц: 5 980
Результат расчета за Январь: 5 980

(11) А выплаты - сколько, когда?
Кстати, а вычеты потом не менялись?

(0) из картинки видно что выплаты были 2 раза - 31 января и 28  февраля.

(13) после отмены февраля. осталась только одна верхняя строка

(14) Отмены чего? Начисления или выплаты?

(15) и начисления и выплаты

(14) ищите документ выплаты за январь.
кстати настройка Взаиморасчеты по зарплате ведутся в разрезе месяцев ее начисления. ДА   не есть гуд. это анахронизм давнишних лет. С тех пор все ставят настройку НЕТ

(16) и в чем сейчас проблема тогда?

(18) исчисленный также не равен удержанному

(18) Делаем ставки? :)

(19) В выплате за январь что?

(19) у вас уже все распроведено...)
(20) я уже пас))

(22) Слабак :))))

(21) Вам видно изображение если я прикреплю?
http://prnt.sc/f3z12q
http://prnt.sc/f3z18o
http://prnt.sc/f3z1f5

(24) И какие проводки делает выплата?

У вас настройка по удержанию НДФЛ в момент выплаты. Вы выплачиваете аванс и остаток по начислению. В момент начисления программа видит аванс и с этой суммы записывает удержанный НДФЛ. При оплате остатка дозаписывается удержание НДФЛ.
Чтобы совпадало нужно ставить настройку начисленный считать удержанным - не помню точное название, смотреть лень.

проводки по страховым взносам (Дт26Кт69 счета), по заработной плате (ДТ26кт70 счета) и по НДФЛ (Дт70Кт68 счет)

(27) Ну, ё-моё... А суммы где?

(28) Раскатала! ;))

(28) http://prnt.sc/f3z9pk
http://prnt.sc/f3z9vc

(30) А что за дата "от 04.05.2017"?

Проводки не при делах для 2-ндфл. Регистры смотрите.