Проблема в том, что у физических лиц. (сотрудники) фактически нет ИНН, а в файле в поле ПолучательИНН указан ИНН Банка, в котором у сотрудника открыт зарплатный счет.
В итоге типовая обработка загрузки создает новых контрагентов (дубликаты).

(0) а зачем такая загрузка? Обычно зарплату вроде делают наоборот - из 1С выгружают реестр в клиент-банк.

(1) Бух делает Платежки в программе клиент-банк онлайн
(ей так удобно).
Затем когда банк уже провел все транзакции бух выгружает файл и загружает его в 1С.

ну оно может и удобно, но неправильно. Чревато гиморами, в частности тем что описано в (0).

(2) Что удобно бухгалтеру, то программисту - смерть )

придется либо допиливать штатную загрузку из КБ, либо все-таки делать так как делают все, т.е. выгружать из 1С реестр на зарплату (или список платежек на карты, если у вас нет зарплатного проекта).

(0) От нас ты что хочешь? что бы мы тебя пожалели?
Ищи по косвенным признакам, делай премодерацию загрузки, что бы бухгалтер подтвердил верность фио и присвоенной ему суммы.

(0) Мне нравиться - у физ лица нет ИНН а обработка создает новых контров) В бух 3.0 точно можно делать расширения для обработок, вот и доработай.

(6) Бух спрашивает:
1. она что-то неправильно заполнила вручную ?
2. не сделаны какие-то настройки в загрузке ?
3. не предусмотрено типовой программой 1С ? - (какая плохая программа эта ваша 1С !)

(8) вся страна из 1С выгружают реестр в клиент-банк и ни у кого проблем нет.
какой странный бухгалтер)

(8)При чем тут 1с, если в ее банк-клиенте не не предусмотрены ИИНы?

для банка важно номер банковсого счета сотрудника или номер карты. Зачем она ИНН вводит? Приколистка.

(0) одна платёжка -- одно перечисление сотруднику
или одна платёжка и перечисление нескольким сотрудникам ?