Одним документом создаю записи в регистре сведений.
Другим документом формируется другой набор. Есть некоторые совпадения с первым. При проведении его - сообщение - "запись в регистре уже существует" а как сделать, чтобы проводило только то, чего еще нет в регистре?

Подчинить регистр регистратору не предлагать? Ну или писать движения по однму, менеджером записи, с замещением

(1) Подчинен.

(0) через Попытка Исключение
Вариант не очень, но теоретически должен сработать. Не будет останавливаться после ошибки, продолжит запись. Запишет все несуществующие, ошибки выдаст после попытки записи всех записей регистра

(2) Ну тогда в свете "одним документом создаю одни записи, другим - другие" либо ты брешешь, либо у тебя второй документ делает кривые двойные движения, т.е. к первому документу твоя тема никак не относится

(4) Вангую у ТС периодический РС типа "Цены номенклатуры".

(0) Надо делать так, чтобы наборы не пересекались, а не лепить костыли.

(0) Сравнивай что уже есть, с тем что планируешь записать.
То чего нет, то и записывай.
Надеюсь не будет вопроса "Как запросом быстро сравнить 2 таблицы значений и сформировать результат запроса как разницу"

(7) Спасибо за идею. Но в этом-то и вопрос. "Как запросом сформировать разницу".

(0) "Как провести из документа только те записи..."
Записи не проводятся!!!

(8) Сделайте Объединить все + доп. поле "1 КАК Счетчик"

Далее
"Сумма(Счетчик) .... ИМЕЮЩИЕ Сумма(Счетчик) = 1"