В процедуре ПолучитьДанныеДляРасчета когда таблица движений заходит еще они не проставлены, когда в конце выполняется запрос, они уже есть в движениях. Когда они появляются? На один день плавает как то странно.

отладчиком посмотри по процедуре в какой момент они появляются

(1) да не могу поймать. Там какие то виртуальные движения по регистрам. Как отследить когда он появляется?

(2)отладчиком переходишь по строкам и смотришь на каждой строке, в этой строке еще нету, а в этой уже есть, значит какая-то процедура вызвалась которая заполнила

там в процедуре ПолучитьДанныеДляРасчета гиганский запрос, и его никак разобрать нельзя, он формируется только если есть движения по документу, в рабочем случае на основании виртуальных движений и в этот запрос откуда то и попадают колендарные дни, в самом запросе они мельком только встречаются:
    ЕСТЬNULL(ДанныеГрафика.ПроизводственныйКалендарьКалендарныеДниФактическийПериодДействия, 0) КАК КалендарныеДни,
    ЕСТЬNULL(ДанныеГрафика.ПроизводственныйКалендарьКалендарныеДниСПраздникамиФактическийПериодДействия, 0) КАК КалендарныеДниСПраздниками
ИЗ
    РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций КАК Основной
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ДанныеГрафика(
                ВидРасчета.КатегорияРасчета = &парамКатегорияНачисления
                    И Регистратор = &парамРегистратор
                    И Авторасчет
                    И Сотрудник В (&парамСотрудники)) КАК ДанныеГрафика
        ПО Основной.Регистратор = ДанныеГрафика.Регистратор
            И Основной.НомерСтроки = ДанныеГрафика.НомерСтроки
ГДЕ
    Основной.ВидРасчета.КатегорияРасчета = &парамКатегорияНачисления
    И Основной.Регистратор = &парамРегистратор
    И Основной.Сотрудник В(&парамСотрудники)

Как же оно работает, загадка какая то?

(5) не загадка а черный ящик эта виртуальная таблица.
Лучше конкретный вопрос задавай)

на один календарный день меньше пишет сотруднику при начислении больничного, если последний день больничного на выходной выходит

(7) Как определили что меньше дней?
Создаю больничный с 25 мая по 27, пишет оплачено 3 дня в колонке Оплачено дней.

больничный с 21.02.2017 по 02.03.2017
если в документе поставить месяц расчета Апрель (принесли больничный позже) то ставит Оплачено 9 дней, Если месяц расчета поставить Февраль - то ставит 10 дней

(9) у меня нет такой проблемы
смотри периоды какие ставит у меня
21.02.17-23.02.17   3
24.02.17-28.02.17   5
01.03.17-02.03.17   2

(10)у меня это возникает, если сотрудник работает по индивидуальному графику и конец больничного выпадает на выходной по его графику. И месяц расчета стоит Апрель.

Позвонил на линию консультации, сказали, что надо делать в феврале документ невыхода, или больничный без суммы. Бред какой -то! И доказывали, что в Апрельском больничном месяц расчета надо ставить Февраль.

ага, еле научил бухов не удалять красную строку "дни неоплачиваемые по табелю", а просто обнулять сумму если она им не нравится

(13) так а у вас нету такой траблы с КалендарныеДни?

(14) на это не жаловались вроде бухи..., у меня лично точно нету

когда они удаляют эту строку, трабла начинается в другом, в среднем заработке при отпуске например, спустя полгода

если эти календарные дни именно в расчете среднего, трабла очень может быть похожа на то что они удаляли сторно дней неоплачиваемых по табелю

(16) ого, пока с таким не встречался, обращу внимание